主要研究方向包括基于健康大数据的疾病风险精准预测与个体化干预、人工智能可解释模型及多模态医学数据智能建模。任中国科学院深圳先进技术研究院生物医学信息技术研究中心执行主任、广东省健康大数据分析技术工程中心主任、深圳市健康大数据分析技术工程实验室主任。已发表学术论文一百余篇，包括作为主要作者在Nucleic Acids Research, Briefings in Bioinformatics、IEEE Trans NNLS、IEEE TOC、IEEE ICDE等生物信息和机器学习顶级期刊上的多篇论文，获得授权发明专利30项，软件著作权6项。相关成果转化到雅士长华、联影数据、中科汇康等企业。
研究领域:生物信息学、健康信息学、医学健康大数据挖掘及医疗人工智能
学习经历：
2001.09-2007.01 清华大学 计算机科学与技术专业 博士
1997.09-2001.07 清华大学 工程物理专业 本科
工作经历：
2011.06－至今 中国科学院深圳先进技术研究院 副研究员，研究员,中心执行主任
2010.05-2011.04 美国佛罗里达大学 生物技术多学科联合研究中心 博士后
2007.11-2010.05 美国佛罗里达大学 电子与计算机工程系 博士后
Health InformationScience and Systems期刊编委
主要获奖：
2023年广东省科技进步二等奖（2）
2021年中华医学会卫生管理奖(4)
2019年深圳市科技进步一等奖（6）
2018年广东省科技进步二等奖（6）
主持中科院先导专项课题、国家自然科学基金面上项目、广东省应用型科技研发专项、国家科技支撑计划（子课题）等项目。
(1) Ruitao Xie; Jingban Chen; Limai Jiang; Rui Xiao; Yi Pan*; Yunpeng Cai* ; Accurate Explanation Model for Image Classifiers using Class Association Embedding, IEEE International Conference on Data Engineering (CCF-A类会议）, 2024
(2) Chaojie Ji; Hongwei Chen; Ruxin Wang; Yunpeng Cai*; Hongyan Wu*; Smoothness Sensor:Adaptive Smoothness-Transition Graph Convolutions for Attributed Graph Clustering, IEEE
Transactions on Cybernetics, 2022, 52(12): 12771-12784
(3) Chaojie Ji; Yijia Zheng; Ruxin Wang;Yunpeng Cai*; Hongyan Wu*; Graph Polish: A Novel Graph Generation Paradigm for Molecular Optimization, IEEE Transactions on Neural Networks
and Learning Systems, 2023, 34(5): 2323-2337
(4) Bokai Yang;Yujie Yang; Qi;Denan Lin;Ye Li;Jingle Zheng*; Yunpeng Cai* ; Classification of Medical Image Notes for Image Labeling by Using MinBERT, Tsinghua Science and Technology, 2023, 28(4): 613-627
(5) Bokai Yang; Hongyang Lei; Huazhen Huang; Xinxin Han; Yunpeng Cai*; DPN: Dynamics Priori Networks for Radiology Report Generation, Tsinghua Science And Technology, 29(6), 2024
(6)Yijun Sun*#, Yunpeng Cai#, Li Liu, Fahong Yu, Michelle Farrell, William McKendree, William Farmerie.ESPRIT: estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences. Nucleic acids research. 2009. (332引用)
(7)Yijun Sun*#, Yunpeng Cai#, Susan Huse, Rob Knight, William Farmerie, Xiaoyu Wang, Volker Mai. A large-scale benchmark study of existing algorithms for taxonomy-independent microbial community analysis. Briefings in bioinformatics. 2012 (196引用)
(8)Zhuoyuan Zheng, Yunpeng Cai*,Ye Li*,Oversampling method for imbalanced classification. Z Zheng, Y Cai*, Y Li*. Computing and Informatics. 2015 (189引用)
(9)Yunpeng Cai, Yijun Sun, ESPRIT-Tree: hierarchical clustering analysis of millions of 16S rRNA pyrosequences in quasilinear computational time. Nucleic acids research. 2011 (181引用)
