资治科Zi Zhike

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特聘教授,研究员,

合成生物学院

德国联邦风险评估研究所前终身科学研究员

所在单位:深圳先进院合成所

个人简介

资治科研究员,博士生导师,国家级青年人才。课题组主要研究方向为细胞信号转导系统的调控原理与合成控制、细胞系统的数学建模和机器学习预测。目前在相关领域发表了30余篇论文,以通讯作者发表在Molecular Systems Biology、Bioinformatics、ACS Synthetic Biology、iScience等期刊上。其他参与的工作发表在 Nature Biotechnolony、Nature Methods、Developmental Cell、Science Signaling、Autophagy等杂志上。

研究领域:系统生物学,定量生物学,生物信息学。


学习工作经历

学习经历

2005.08-2008.10 德国洪堡大学 博士

2002.09-2005.07 清华大学 硕士

1998.09-2002.06 中南民族大学 学士

工作经历:

2022.07-现在, 中国科学院深圳先进技术研究院, 研究员

2019.01-2022.06,德国联邦风险评估研究所, 终身科学研究员

2014.05-2018.12,德国马克斯普朗克分子遗传所, 研究员、课题组长 (Group Leader, PI)

2009.11-2014.04,德国弗莱堡大学, 项目组长(Project Leader)

2009.01-2009.10,德国洪堡大学, 博士后


学术成果

(国际影响力)

IET Systems Biology,Associate Editor,2023.5-2025.12

(科研成果)

1. 科技部, 国家重点研发计划, 2023YFA0915701, 肿瘤组织原位细胞工程化改造及应用, 2023-12 至 2028-11, 50万元, 在研, 参与。


代表性论文

(1) Liebig’s law of the minimum in the TGF-β/SMAD pathway, PLOS Computational Biology, 2024, 通讯作者

(2) Machine learning unveils RNA polymerase II binding as a predictor for SMAD2‐dependent transcription dynamics in response to Actvin signalling, IET Systems Biology, 2024, 通讯作者

(3) PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes, Nature Biotechnology, 2023, 第 6 作者

(4) Programmable Extracellular Vesicles for Macromolecule Delivery and Genome Modifications, DEVELOPMENTAL CELL, 2020, 第 3 作者

(5) Cell-type-specific role of CHK2 in mediating DNA damage-induced G2 cell cycle arrest, ONCOGENESIS, 2020, 通讯作者

(6) Molecular Engineering of the TGF-β Signaling Pathway, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2019, 通讯作者

(7) eDetect: A Fast Error Detection and Correction Tool for Live Cell Imaging Data Analysis, ISCIENCE, 2019, 通讯作者

(8) Tissue-Specific Chk1 Activation Determines Apoptosis by Regulating the Balance of p53 and p21, ISCIENCE, 2019, 通讯作者

(9) Spatiotemporal Control of TGF- β Signaling with Light, ACS SYNTHETIC BIOLOGY, 2018, 通讯作者

(10) Quantitative analysis of transient and sustained transforming growth factor‐β signaling dynamics, MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY, 2011, 通讯作者

(11) SBML-PET-MPI: a parallel parameter estimation tool for Systems Biology Markup Language based models, BIOINFORMATICS, 2011, 通讯作者

(12) Time-Dependent Quantitative Multicomponent Control of the G(1)-S Network by the Stress-Activated Protein Kinase Hog1 upon Osmostress, SCIENCE SIGNALING, 2011, 第 2 作者