陈禹Chen Yu

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特聘教授,研究员,

合成生物学院

前瑞典查尔姆斯理工大学博士后

邮箱:y.chen3@siat.ac.cn

所在单位:深圳先进院合成所

个人简介

陈禹,研究员,博士生导师,国家级青年人才。2018年获得华东理工大学生物化工博士学位,后于瑞典Jens Nielsen实验室开展博士后研究,2023年加入中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所。曾多次受邀担任PNAS、Nature Communications、Bioinformatics等期刊审稿人。目前主持深圳市医学研究专项,参与国家重点研发计划、深圳市科技计划等项目。

研究领域:聚焦基于代谢网络的数字细胞建模,整合“干”“湿”实验技术,实现细胞精准模拟以指导理性改造和人工合成。


学习工作经历

学习经历:

2012.09-2018.06,华东理工大学 生物化工 博士(硕博连读)

2008.09-2012.06,华中农业大学 生物工程 学士

工作经历:

2023.02-至今,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所,研究员

2018.02-2022.12,查尔姆斯理工大学,博士后


学术成果

(国际影响力)

担任Advanced Biotechnology期刊青年编委。

(科研成果)

重大科技项目承担情况:

1.深圳市医学研究专项资金资助项目,2024-01-01/2026-12-31,项目负责人;

2.国家重点研发计划,2023-12-01/2028-11-30,课题骨干;

3.深圳市科技重大专项,2024-01-01/2026-12-31,主要成员。


代表性文章

1.Metabolomes evolve faster than metabolic network structures,Proceedings of the National Academy of Sciences,2024,(一作及通讯);

2.Single-cell omics analysis with genome-scale metabolic modeling,Current Opinion in Biotechnology,2024,(一作及通讯);

3.Reconstruction, simulation and analysis of enzyme-constrained metabolic models using GECKO Toolbox 3.0,Nature Protocols,2024,(一作);

4.Yeast has evolved to minimize protein resource cost for synthesizing amino acids,Proceedings of the National Academy of Sciences,2022,(一作);

5.In vitro turnover numbers do not reflect in vivo activities of yeast enzymes,Proceedings of the National Academy of Sciences,2021,(一作);

6.Yeast optimizes metal utilization based on metabolic network and enzyme kinetics,Proceedings of the National Academy of Sciences,2021,(一作);

7.Proteome constraints reveal targets for improving microbial fitness in nutrient-rich environments,Molecular Systems Biology,2021,(共一第一);

8.GotEnzymes: an extensive database of enzyme parameter predictions,Nucleic Acids Research,2023,(共一第二);

9.Energy metabolism controls phenotypes by protein efficiency and allocation,Proceedings of the National Academy of Sciences,2019,(一作);

10.Flux regulation through glycolysis and respiration is balanced by inositol pyrophosphates in yeast,Cell,2023,(五作)。